Пандемия COVID-19: Все, что вам нужно знать
Эта статья освещает инфекционное заболевание и пандемию, вызванную заболеванием, известным как COVID-19.
Передача и жизненный цикл вируса SARS-CoV-2
Медицинские специальности и неотложная медицинская помощь играют важную роль в борьбе с инфекцией.
Гипервоспалительный синдром, связанный с COVID-19
Острый респираторный дистресс-синдром, механическая вентиляция легких, перевод в отделение реанимации — все это важные аспекты лечения.
Мультисистемный воспалительный синдром, связанный с COVID-19
Этот раздел статьи предстоит написать. В нем мы рассмотрим дополнительные аспекты лечения и последствия заболевания.
Экспериментальные терапии и направления исследований
Изучение и разработка новых методик лечения играют важную роль в борьбе против COVID-19.
Вспышка COVID-19 в Китае и последующее введение карантина
Вспышка заболевания в Китае привела к серьезным последствиям и введению карантина на границах.
Первый случай за пределами Китая был зафиксирован 13 января — женщина, прилетевшая из Уханя. Распространение вируса заставило принять серьезные меры предосторожности.
Эта статья предоставляет обзор инфекционного заболевания и его последствий. COVID-19 оставляет серьезный след в медицинской и научной области, требуя постоянного изучения и развития новых методов борьбы.
Пандемия COVID-19: текущая ситуация и тенденции
Из того факта, что за пределами Китая были зарегистрированы несколько случаев заболевания, эпидемиологи пришли к выводу, что число людей, инфицированных в Ухане, должно быть значительно больше (на 1—2 порядка), чем официально объявленные 41 случай. По оценкам, высказываемым экспертами-вирусологами, число людей, инфицированных в Ухане, на 17 января составило до 1700 человек.
Тот факт, что несколько сотрудников больницы, которые занимались лечением больных, также заболели, ясно показал, что вирус может передаваться от человека к человеку.
20 января китайские власти сообщили о резком увеличении числа новых случаев заболевания, вызванного коронавирусной инфекцией COVID-19, сразу на 140 новых пациентов; некоторые из них оказались за пределами Уханя — в Шэньчжэне и Пекине. Также сообщалось о ещё одной смерти, вызванной вирусом, и о первом случае заболевания в Южной Корее. Китайские власти официально подтвердили, что имели место случаи передачи инфекции от человека к человеку. 21 января у американца, который вернулся из Уханя в Сиэтл (США) 15 января, была диагностирована первая инфекция COVID-19 года за пределами Азии. Были высказаны серьёзные опасения, что предстоящий китайский Новый год может значительно способствовать распространению вируса. Сотни миллионов китайцев традиционно посещают этот праздник в Китае и за его пределами, чтобы отдохнуть, отпраздновать и посетить своих родственников.
Распространение по миру
Испанские феминистки устраивают марш во время эпидемии COVID-19
Мадрид, 8 марта 2020 года
Цифровой сертификат ЕС
Данные, собранные с помощью спутника ESA Sentinel-5, показывающие падение уровня выбросов диоксида азота над Китаем в период с 1 января по 25 февраля 2020 года
Данные, собранные с помощью спутника Copernicus Sentinel-5P, показывающие падение диоксида азота над Италией в период с 1 января по 11 марта 2020 года
По прогнозам экспертов, учитывая существующие экономические потрясения, вполне возможно сокращение общемировых выбросов углекислого газа и загрязнения окружающей среды в 2020 году.
Протесты против антиковидных ограничений
В связи с жёсткими антиковидными ограничениями из-за пандемии COVID-19 появилась тенденция негативного отношения к ограничительным мерам, вводимыми властями. В этой связи в ряде государств и регионов прошли протесты против жёстких антиковидных ограничений.
Прогнозы по развитию пандемии
Тем не менее, прогнозы продолжают появляться.
В частности, в конце 2021—начале 2022 годов был высказан целый ряд прогнозов, в которых связывается между собой распространение омикрон-штамма и окончание пандемии.
COVID-19 по странам
Схема распространения COVID-19 в различных странах
Социальное дистанцирование в лондонской аптеке, 23 марта 2020 г.
Количество выявленных случаев заражения коронавирусом в различных странах Европы в расчёте на 1 000 000 человек населения
В начале марта в Германии был введён запрет массовых мероприятий с участием более 1000 зрителей.
Пандемия Covid-19: Информационный обзор
Ситуация в разных странах мира
Мумбаи, Индия
Больницы города Мумбаи переполнены пациентами, как было отмечено в репортаже канала ABC News от 1 июня.
Валенсия, Испания
20 марта 2020 года в Валенсии были введены меры социального дистанцирования.
Казахстан
Президент Казахстана Касым-Жомарт Токаев продлил режим чрезвычайной ситуации до 11 мая с последующим снятием ограничений по отдельности в различных регионах страны.
Республика Корея
Президент Чжэ Ин объявил повышение уровня эпидемиологической угрозы до максимального уровня.
Украина
С 12 марта 2020 года в Украине ввели карантин, который предусматривал закрытие учебных заведений, запрет массовых собраний и прочие меры.
Потери медицинского персонала
На фото присутствует подпись Профессора Джорджа Гао, который в интервью Би-би-си высказал мнение о возможной утечке вируса Covid-19 из лаборатории.
Институт вирусологии в Ухане
Уханьский институт вирусологии стал центром внимания с самого начала пандемии, подозреваемым в изучении коронавируса на летучих мышах. Профессор Гао отмечает проведенное расследование, которое может указывать на серьезный подход китайского правительства к этому вопросу. Проведенная проверка относилась к другому ведомству, а не к управлению, которым он руководил, и результаты ее пока не обнародованы.
Подробная информация об эпидемической ситуации и реакции стран мира на нее не может не привлечь внимание общественности.
Ученый из Сингапура посетил Уханьский институт вирусологии
Ученый из Сингапура, профессор Ван Линфа, посетил Уханьский институт вирусологии, где он занимает пост почетного профессора, в январе 2020 года, как раз когда пандемия только набирала силу.
Он рассказал Би-би-си, что его коллега в институте, профессор Ши Чжэнли, беспокоилась о возможности утечки в лаборатории, но после дополнительной проверки отвергла такую возможность.
По словам Вана, вероятность того, что Ши или кто-то из ее команды скрывали факт утечки их лаборатории, нулевая. Ван предложил ей взять у ее сотрудников анализы крови на антитела к ковиду еще в январе 2020 года, и все анализы оказались отрицательными.
Летучие мыши
Существует несколько теорий происхождения ковида, согласно которым он либо на самом деле возник в дикой природе, а в лаборатории его решили изучить, либо китайские ученые сами его и вывели, а уже потом он вырвался на свободу.
Разумеется, есть и конспирологические теории, согласно которым вирус создавался как биологическое оружие, однако никаких солидных оснований для подобных выводов пока обнаружить не удалось.
Многие ученые склоняются к естественной теории происхождения ковида и считают его источником тот самый рынок морепродуктов в Ухане, где продавалось все на свете от летучих мышей до енотов.
Именно посетители этого рынка начали первыми обращаться в клиники с симптомами ковида.
Рынок морепродуктов Хуанань:
Морепродукты | Продаваемые животные |
---|---|
Летучие мыши | |
Еноты | |
… |
Вирус, вызывающий ковид, почти наверняка когда-то появился в популяции летучих мышей. Но как он попал от летучих мышей к человеку — гораздо более спорный вопрос, и с самого начала существовало несколько вариантов.
Один из них заключается в том, что вирус распространился естественным путем от летучих мышей к людям, возможно, через других животных.
По мнению многих ученых, все доказательства указывают на то, что это наиболее вероятный сценарий.
Но другие считают, что нельзя исключить основную альтернативную возможность — вирус заразил кого-то из участников исследования, проводившегося с целью лучше понять угрозу вирусов, возникающих в природе.
Китайское правительство продвигает третью теорию, пока не подкрепленную никакими доказательствами.
Оно утверждает, что вирус пришел не из лаборатории или с рынка, а мог быть завезен в страну на упаковке замороженных продуктов.
Так называемая утечка из лаборатории — это ложь, созданная антикитайскими силами. Она политически мотивирована и не имеет научной основы, — заявило посольство Китая в Великобритании.
Лабораторный след
Хотя Китай и не торопится делиться данными, сторонники первой версии утверждают, что сейчас имеется достаточно информации, в частности данных о первых случаях заболевания, и проб окружающей среды на рынке Хуанань, чтобы исключить возможность утечки из лаборатории.
Собственно, эта точка зрения существовала с самого начала пандемии. Например, в марте 2020 года была опубликована статья Проксимальное происхождение Sars-Cov-2, ставшая одной из самых читаемых и самых противоречивых научных работ в последнее время.
Статью написали видные ученые-вирусологи, утверждавшие, что лабораторный сценарий происхождения ковида нельзя считать правдоподобным.
Ее подхватили мировые СМИ, и идея об утечке из лаборатории быстро отошла в область конспирологических теорий.
Однако в подкасте Би-би-си один из авторов статьи, профессор эпидемиологии Колумбийского университета в Нью-Йорке Иэн Липкин, заявил, что теперь сомневается в обоснованности этого вывода.
Подпись к фото, Профессор Иэн Липкин
Профессор Липкин полагает, что полностью исключить лабораторный сценарий коронавируса не следует.
Хотя он по-прежнему считает рынок Хуанань наиболее правдоподобным вариантом появления ковида и не верит, что вирус был специально сконструирован, Липкин не готов полностью исключить сценарии распространения ковида из лаборатории.
В качестве версии он называет другую уханьскую лабораторию под управлением Уханьского центра по контролю заболеваний, расположенную всего в нескольких сотнях метров от Хуананьского рынка.
Известно, что в этой лаборатории собирали тысячи образцов крови и фекалий диких летучих мышей, и, согласно сообщениям в китайских СМИ, исследования иногда проводились без надлежащего защитного оборудования. Все это создает явный риск заражения.
"Сотрудники лаборатории могли заразиться, находясь в пещере и собирая летучих мышей", — говорит профессор Липкин, добавляя, что на момент написания той самой статьи в 2020 году он еще не знал об этой лаборатории и ее работе.
Профессор Липкин утверждает, что дальнейший анализ, указывающий на рынок Хуанань как на место происхождения вируса, не решает вопрос о происхождении вируса.
Вирус, по его словам, мог возникнуть где-то еще, а на рынке заметно усилиться и распространиться.
Так откуда он взялся?
В феврале этого года министерство энергетики США, контролирующее работу всех 17 ведущих биолабораторий страны, после кропотливого анализа пришло к выводу, что коронавирус "с низкой долей вероятности", но все же мог иметь именно лабораторное происхождение, то есть распространился в результате случайной утечки, скорее всего — в одной из лабораторий города Ухань.
ФБР еще в 2021 году пришло к выводу (но со средней степенью вероятности), что вирус мог вырваться из одной из китайских лабораторий. Четыре других американских агентства, изучавших этот вопрос, склоняются к мнению, что вирус имел естественное происхождение и передался от животных к людям.
О том, так ли это, равно как и о происхождении ковида, ученые спорят до сих пор. При этом, во всяком случае, за пределами Китая, существует консенсус: Пекин не приложил достаточно усилий для поиска доказательств и вовремя не поделился собранными данными с научным миром.
Выношу из комментариев
Предисловие от переводчика, история вопроса
С самого начала пандемии ковида-19 существовали подозрения, что вирус SARS-CoV-2 был создан искусственно, что было разобрано в замечательной статье Юрия Дейгина опубликованной на Хабре 19 апреля 2020 года и до сих пор не утратившей актуальности. В статье назывались имена двух основных подозреваемых: Ральфа Барика из университета Северной Каролины и Ши Чжэнли из Уханьского института вирусологии. К двоим подозреваемым можно было бы добавить других известных специалистов по коронавирусам и нидовирусам, но Барика сразу считали злодеем.
Работы по усилению функций вирусов (gain-of-function research, GoFR, «гофра») ведутся с начала века. Целью работ является лучшее понимание текущих и будущих эпидемий, а также создание вакцин от вирусов до того, как эпидемия начнётся. Одна из популярных тем – усиление SARS-CoV. В 2014 году был введён мораторий на государственное финансирование «усиленных» вирусов в США, однако, как выяснилось в марте 2022 года Энтони Фаучи нарушал мораторий и финансировал создание «усиленных» вирусов Бариком в Ухане через прокладку Eco Health Alliance Питера Дашака. Полученные в январе этого года в соответствии с Законом о свободе информации документы из национального архива США раскрыли заявки Дашака и Барика на гранты предлагающие создание коронавирусов со свойствами, имеющимися только у SARS-CoV-2, поданные за более чем за год до начала эпидемии ковида-19. Эти документы не содержат прямой информации о финансировании грантов, но согласно законам США и ответу представителя национального архива США раскрытию подлежат только профинансированные проекты, а заявки, которые не были профинансированы не раскрываются, что указывает, что для опубликованных заявок финансирование было получено. Заявки также содержат сведения о неопубликованных предварительных работах по «улучшению» спайка.
Когда Уханьский институт вирусологии опубликовал первую статью о вирусе, они не упомянули об уникальном участке расщепления спайка фурином, что означает что авторы статьи возможно не были осведомлены о работах Барика по созданию вирусов. План добавить в спайк сайт расщепления фурином для улучшению связывания c человеческим рецептором ACE2, был в заявках Барика на грант.
Расследование искусственного происхождения ковида-19 на основе заявок на гранты было чрезвычайно простым, так как все основные подозреваемые были изначально известны. При наличии политической воли у правоохранительных служб США результаты расследования могли бы быть опубликованы официально в марте 2020 года. Фаучи нанёс вред США как тысяча Осам бин Ладенов, но вместо ареста 20 января 2021 года Фаучи был назначен главным советником президента Байдена по медицине и в качестве советника полностью определял политику США в отношении ковида-19 до своего выхода на пенсию в конце 2022 года. К аресту Фаучи сейчас призывает только сенатор Рэнд Пол.
Фаучи был давно известен не только как учёный, но и как конспиролог, который на основе одного впоследствии опровергнутого случая, в конце 80-х начал панику по поводу бытового заражения СПИДом через сидения туалетов. Фаучи тогда же обещал создать вакцину от ВИЧ за два года. Если бы Фаучи позволили, он бы смог при помощи вакцин защитить человечество от заражения ВИЧ бытовым путём. Согласно раскрытым Илоном Маском документам Твиттера, ФБР обращалось к интернет компаниям с целью установить ковидную цензуру, что было прямым нарушением Первой поправки к Конституции США запрещающей федеральному правительству как-либо ограничивать свободу слова. Википедия в декабре 2020 года удалила большую часть статьи об антителозависимом усилении на английском, сейчас статья на английском намного меньше статьи на русском. Поиск в Гугле на тему ковида до сих пор сильно цензурирован, в отличие от других поисковиков. Во Франции под предлогом защиты науки от критики в социальных сетях и борьбы с «уринотерапией» в феврале этого года были приняты законы вводящие уголовную ответственность за критику решений государства в области здравоохранения (статья удалена, ссылка на Веб-архив). Реакция СССР на чернобыльскую аварию 1986 года может служить образцом свободы слова и ответственности по сравнению с реакцией США на ковид-19.
Недавняя публикация на Хабре обсуждают «огромную общественную опасность» Flipper Zero, который может открывать некоторые замки, приведшую к запрету продажи устройства в Канаде. Как мы убедились за последние годы, работы по «усилению» вирусов существенно опаснее не только Flipper Zero, но и ядерного оружия, при этом геномы вирусов опубликованы. По всей видимости работы Барика по «улучшению» коронавирусов в Ухане велись в лаборатории c уровнем биобезопасности BSL (BioSafety Level) 2, который не сильно превосходит уровень зубного кабинета, а не с BSL 4, как на известных фотографиях Ши Чжэнли. BSL 4 применяется для «опасных» вирусов, например эболы или вирусов летучих мышей исследуемых Чженли. Эти «опасные» вирусы могут убить исследователя, но риск распространения этих вирусов в широкой среде крайне низкий. Они присутствуют в природе, но мало заразны для человека, и поэтому редко встречаются среди людей. С SARS-CoV-2, согласно инструкциям 2021 года, положено работать в BSL 3, иногда работали в BSL 2, так как ковид в 2021 году был везде и исследователь мог легко заразиться им в магазине или метро. До утечки вируса Барик каждый год разрабатывал по два-три десятка вариантов спайка и собирал несколько вариантов новых полностью собранных вирусов. Отбор вариантов спайка осуществлялся в том числе и по улучшению связывания с человеческими ACE2 рецепторами (human ACE2 = hACE2). Оценку патогенности Барик осуществлял стандартным способом для SARS-подобных вирусов, заражая этими вирусами гуманизированных мышей с hACE2 рецепторами, но данная оценка не может прямо отражать эпидемический потенциал вируса в человеческой среде. Любой студент мог сам вставить сайт расщепления фурина в геном созданных Бариком вирусов и тем самым существенно «улучшить» вирус, а затем случайно выпустить вирус гулять по всему остальному миру.
Мы не можем до сих пор оценить потенциал SARS-CoV-2, так как этот вирус новый для человека, и мы всё ещё находимся в начале эволюции этого вируса. Можно сравнивать SARS-CoV-2 с другими, более древними, коронавирусами и нидовирусами животных в целом. Эволюция коронавирусов направлена на приспособление иммунной системе и использование иммунного ответа в своих целях в форме антитело-зависимого усиления (АЗУ). АЗУ, вызываемое антителами к спайку SARS-CoV, было описано ещё в 2014 году. Относительно новым, но более древним, чем SARS-CoV-2, является кошачий коронавирус FCoV, пример которого указывает возможное направление эволюции SARS-CoV-2. Давно известно, что кошки с высоким уровнем антител гарантированно погибают от FCoV (около 10% зараженных кошек) если их не лечить ремдесивиром (ремдесивир работает только для кошек, люди не кошки), а с низким уровнем гарантированно выживают. Смертельная форма перитонита развивается из-за неспособности осуществить Т-клеточный ответ (в форме врождённого иммунитета) при мощной В-клеточной реакции (избыток антител). В противном случае кошка может выработать сильный Т-клеточный ответ, который способен перекрыть все негативные эффекты антител. Вакцинация с помощью высоко патогенного спайка с целью выработки антител увеличивает вероятность поражения иммунной системы через АЗУ, а значит массовая вакцинация может привести к эволюции SARS-CoV-2 в направлении кошачьего FCoV.
Самыми древними являются коронавирусы летучих мышей: летучие мыши свыше 50 миллионов лет обитают во многомиллионных колониях, а человеческие города с миллионным населением появились совсем недавно. Летучих мышей пытались заражать различными смертельными для человека вирусами, но без видимого результата. Механизмы реакции иммунной системы летучих мышей на вирусы неизвестны, но не базируются на антителах. Коронавирусы присутствуют в среде летучих мышей, но поддерживаются неизвестными механизмами на неопасном для летучих мышей уровне предположительно врождённым иммунитетом. С 2020 года известно, что многие врачи, работавшие в горячей зоне не заражались ковидом, при этом у них не было антител от ковида.
В настоящее время активно создаются новые «усиленные» вирусы. В январском китайском (не из Ухани) препринте описан мутанта коронавируса панголина сходного с SARS-CoV-2 с улучшенной связываемостью человеческими hACE2 рецепторами. Вирус за неделю убил всех заражённых гуманизированных мышей с hACE2. В комментариях к препринту проф. Ричард Эбрайт учит авторов любить человечество, и не делать «усиленные» вирусы, а один из авторов, Лихуа Сонг учит профессора любить строгость в науке и не пугать народ. На публике Сонг вполне может навешать лапши обывателю что его исследования не опасны, поскольку мыши у них уникальные, с hACE2. Эбрайт пишет, что гуманизированные мыши используются для оценки патогенности вирусов подобных SARS для человека, и прямо цитирует препринт, который подчеркивает риск распространения исследуемого вируса на людей.
Видео 2009 года, на котором Фаучи, Дашак и Барик учат студента создавать «гофры»:
Ниже перевод статьи
Американские ученые планировали создать вирусы с уникальными свойствами SARS-CoV-2 в Ухане за год до утечки
Согласно документам, полученным U.S. Right to Know из национального архива США, американские ученые планировали сотрудничать с Уханьским институтом вирусологии для создания новых коронавирусов с признаками SARS-CoV-2 за год до появления вируса в этом городе.
Ученые, разделенные по поводу так называемой «лабораторной утечки» и гипотез естественного происхождения, в течение нескольких лет размышляли над загадочным языком американо-китайского исследовательского проекта “DEFUSE”, описывающего эксперименты по усилению функций (Gain of Fuctuion Research) коронавирусов. Заявка на грант DEFUSE была подана президентом Eco Health Alliance Питером Дашаком. Черновики и заметки, полученные по запросу согласно Закону о свободе информации США, раскрывают новые подробности о предполагаемом исследовании. В частности, ученые стремились внедрить сайты расщепления фурина на стыке S1 / S2 белка-шипа; собрать синтетические вирусы из шести сегментов; идентифицировать коронавирусы, на 25% отличающиеся от SARS; и выбрать для связывания с рецепторами домены, способные поражать рецепторы человека. Геном SARS-CoV-2, вируса, вызывающего COVID-19, соответствует вирусам, описанным в предложении по исследованию:
Документы впервые раскрывают, что вирусолог, работающий с уханьской лабораторией, планировал разработать новые спайковые белки – в отличие от опубликованных работ коллаборации по внедрению существующих природных спайковых белков в вирусные остовы. Язык предложения указывает на то, что в этой работе могли быть задействованы неопубликованные вирусы, генерирующие неопубликованные искусственно созданные спайковые белки.
Американский вирусолог, профессор Университета Северной Каролины Ральф Барик, планировал создавать двадцать или более «химерических» белковых шипов, связанных с SARS, ежегодно в рамках предложения, а также два или пять полных инженерных вирусов, связанных с SARS. Документы, ранее опубликованные организацией Right to Know, показывают, что некоторые эксперименты могли проводиться тайно в Ухане на более низком уровне биобезопасности, чем указано в гранте, видимо, для экономии средств.
Документы оспаривают аргумент, выдвинутый Национальными институтами здоровья и некоторыми вирусологами, против связи грантов Eco Health Alliance с происхождением пандемии: они утверждали, что эта научная коллаборация между США и Китаем планировала работать с вирусами, начиная с вирусных основ, уже опубликованных в открытой литературе, и что эти вирусные основы слишком отличаются, чтобы сыграть роль в пандемии. Однако новые документы раскрывают, что ученые планировали создавать и тестировать in vivo новые живые вирусы с новыми основами. В документах описываются связанные с SARS вирусы, которые должны были изучаться в рамках гранта, как представляющие «явную и непосредственную угрозу новой пандемии, подобной SARS». Документы не подтверждают точное пошаговое руководство по созданию SARS-CoV-2 в лаборатории. Геномы некоторых вирусов, связанных с SARS, с которыми ученые планировали работать, остаются неизвестными, но документы описывают эксперименты, которые могли привести к появлению вируса с редкими и уникальными свойствами SARS-CoV-2.
Предложение о гранте было подано в агентство перспективных исследовательских проектов Министерства обороны США (DARPA), которое отклонило проект. Финансировалось ли исследование другими средствами, остается неизвестным. К моменту подачи предложения Барик разработал неизвестные спайковые белки.
Документы свидетельствуют о том, что некоторые данные, имеющие ключевое значение для самой страшной пандемии за столетие, могут быть найдены не только в Китае, но и в США: «Когда Уханьский институт вирусологии опубликовал свою первую статью о пандемическом вирусе, они не упомянули об уникальном участке расщепления фурина, несмотря на то, что недавно стали (со)авторами проекта DEFUSE, заявив, что они искали эти тревожные признаки в новых SARS-подобных вирусах», — сказала молекулярный биолог из Института Броуда Алина Чан. (от переводчика: Я полагаю, что авторы первой статьи, описывающей SARS-CoV-2 не участвовали в его создании, а переоткрывали его свойства).
Сайт расщепления фурином на границе S1 / S2 спайка
Окончательная формулировка заявки на грант предусматривала включение «специфичных для человека сайтов протеолитического расщепления» в часть белка-шипа, называемую S2’, но более ранние заявки проекта DEFUSE были более определёнными. Сайты протеолитического расщепления — более общий термин, чем сайты расщепления фурином.
Сайты протеолитического расщепления являются комбинациями аминокислот, которые позволяют ферментам расщеплять спайковый белок, который помогает вирусам, подобным SARS-CoV-2, проникать в клетки человека. Сайты протеолитического расщепления могут быть активированы различными ферментами, а не только фурином. Общая формулировка в окончательной заявке стала камнем преткновения в дебатах по поводу документов проекта DEFUSE. Вирусолог Института Скриппса Кристиан Андерсен — сторонник теории естественного происхождения — утверждает, что DEFUSE не имеет большого отношения к происхождению COVID, поскольку грант предусматривает введение сайтов протеолитического расщепления в положении S2′ белка-шипа. Однако более ранние проекты показывают особый интерес ученых к участкам расщепления фурина. Документы предполагают, что ученые еще не были уверены в относительной важности других участков расщепления.
На рисунке С показан участок расщепления фурина на границе S1/ S2, именно там, где находится участок расщепления фурина в SARS-CoV-2.
Документы предполагают, что исследовательская группа определила способ изолировать коронавирусы, связанные с SARS, с помощью сайтов расщепления или внедрять их, говорят некоторые ученые.
Сайты рестриктивных ферментов
Некоторые ученые, выступающие за теорию естественного происхождения, утверждали, что уханьская лаборатория использовала бы только знакомые основные компоненты из опубликованной литературы и заменила спайковые белки. Поскольку эти основные группы, описанные в опубликованной литературе, слишком генетически непохожи, чтобы породить SARS -CoV-2, они утверждают, что проект DEFUSE не имеет отношения к пандемии.
Недавно раскрытые более детальные ранние заявки на грант показывают, что исследователи планировали протестировать сконструированные спайковые белки в опубликованных вирусах в качестве начального теста, который помог бы им расставить приоритеты в геномах для следующего шага: сшивания вирусных геномов, связанных с SARS, вместе, используя шесть частей для создания новых синтетических вирусов. Белки-спайки, идентифицированные как обладающие «предэпидемическим потенциалом», будут использованы на следующем этапе — генерации синтетических «жизнеспособных вирусов с полным геномом». Эти вирусы должны были быть собраны из консенсусных последовательностей — последовательностей, которые суммируют наиболее распространенные пары оснований среди группы близкородственных вирусов. Эти вирусы могут отличаться друг от друга по нуклеотидам на 5 процентов. RaTG13, один из ближайших родственников вирусов SARS-CoV-2, который был секвенирован Уханьским институтом вирусологии, на 4 процента отличается от SARS-CoV-2.
«Мы определим наилучшего консенсусного кандидата и синтезируем геном с использованием коммерческих поставщиков (например, BioBasic и т.д.) в виде шести смежных фрагментов кДНК, связанных уникальными сайтами эндонуклеазы рестрикции, которые не нарушают кодирующую последовательность, но позволяют собирать геном в полную длину», — говорится в гранте. Документы показывают, что синтез вирусов будет дешевым. Исследователи планировали заразить мышей с гуманизированными клетками легких этими полноразмерными синтетическими вирусами.
План синтеза генома вируса из шести смежных фрагментов перекликается с анализом 2022 года, который выявил наличие сайтов двух ферментов рестрикции, BsmBI и BasI, которые разделяют геном SARS-CoV-2 на шесть равных частей. Ученые тогда оценили вероятность наблюдения этой картины из равномерно расположенных сегментов в природе как крайне маловероятную. В то время Андерсен назвал это «молекулярной биологией детского сада».
Недавно обнаруженные документы также включают заказ от New England Biolabs на BsmBI (R0580), один из этих ключевых ферментов рестрикции. Они также планировали закупить другие неуказанные ферменты рестрикции. New England Biolabs также продает ферменты рестрикции BsaI в дополнение к сотням других. В порядке упорядочения документов, полученных U.S. Right to Know, эта таблица бюджета появляется сразу после электронного письма, в котором Тони Роке, сотрудница USGS по проекту, сообщает, что ее бюджет прилагается. Хотя Рок была настроена сотрудничать с Бариком, неясно, занимала ли она центральное место в этой работе по генной инженерии.
Тем не менее, некоторые ученые говорят, что это открытие сродни «неопровержимому доказательству» в пользу лабораторной гипотезы, но и это открытие, вероятно, вызовет споры. Некоторые из сайтов фермента рестрикции, которые были идентифицированы у SARS-CoV-2, были также идентифицированы у вирусов, тесно связанных с SARS-CoV-2 по природе, что указывает на то, что они могли возникнуть в результате природной рекомбинации, а не инженерной разработки.
Домен, связывающий рецептор
В дополнение к месту расщепления фурина, SARS-CoV-2 был «хорошо адаптирован» к практически мгновенному распространяться среди людей без необходимости сильно эволюционировать, что было красным флагом указывающим на возможное лабораторное происхождения вируса с первых месяцев пандемии.
Новые доступные записи, связанных с проектом DEFUSE, показывают, что исследовательская группа была заинтересована в коронавирусах, связанных с SARS, которые напоминают SARS-CoV-2 в ключевой части вирусного генома, которая присоединяется к клеткам человека — домен связывания с рецепторами. Бэрик планировал отбирать домены связывания с рецепторами с эпидемическим потенциалом, исследуя сайты расщепления и домены связывания с рецепторами, способные эффективно присоединяться к рецепторам ACE2 человека. В записи показывают, что Барик сконструировал спайковые белки, не опубликованные в общедоступной научной литературе, и что эта работа, возможно, уже велась во время подачи заявки на грант DARPA.
Новые вирусы в Уханьском институте вирусологии
Многие вирусы из коллекции собранной уханьской лабораторией не были оценены на предмет заразности или патогенности на момент подачи заявки на грант. Их геномы могут быть недоступны для общественности. «Команда Уханьского института вирусологии продолжит сбор данных о биоразнообразии вирусов SARSr-CoV из пещер летучих мышей на юге Китая», — говорится в документах. «У них большие, но неполные коллекции геномных последовательностей SARSr-CoV, большинство из которых не были оценены на предэпидемический потенциал».
В более ранних версиях заявки на грант лаборатория Ши Чжэнли в Уханьском институте вирусологии указывается как проводящая эксперименты, хотя в конечном итоге это было скрыто от DARPA.
Документы также показывают, что у исследовательской группы была место для отбора проб вирусов летучих мышей в Лаосе, в дополнение к их более известным попыткам отбора проб на Юге Китая. Ученые также описывают цели своих исследований как включающие защиту американских солдат, дислоцированных в Юго-Восточной Азии. Некоторые из вирусов, ближайших родственников SARS-CoV-2, включая вирус под названием Banal-20-52, были идентифицированы в Лаосе.
Организация U.S. Right to Know получила документы, о которых сообщается в этой истории, по запросу (согласно Закону о свободе информации) направленного в Геологическую службу США. Дополнительные документы и отчеты о происхождении ковида-19 доступны на нашем веб-сайте.